2022年一区6.5分基因家族文章赏析—香椿JAZ

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基因家族文章常见,但一区的可不常见,来看看本年颁发在一区期刊上的基因家族文章都阐发了些什么吧?

香椿JAZ基因家族基因判定、表达形式及亚细胞定位阐发,该文章颁发在Industrial Crops Products(IF=6.5,一区)上。

我们先来看看那篇文章的生信阐发内容:

1.香椿JAZ基因家族的判定

从香椿基因组中判定了13个JAZ基因,按照染色体定位信息和系统发育阐发成果给其定名。统计阐发各TciJAZ成员的ID名称、正负链、CDS长度、外显子数量、氨基酸长度、等电点(pI)、分子量和亚细胞定位等信息。

2.香椿JAZ基因家族多序列比对

做者用香椿JAZ家族基因的13个JAZ基因停止多序列比对,并对守旧构造域停止了标识表记标帜。

3.香椿JAZ卵白的系统发育阐发

做者用香椿JAZ家族基因与拟南芥(At)、毛果杨(Pt)、 巨桉(Eg)、柑橘(Cc)、葡萄(Vv)、水稻(Os)和玉米(Zm)的JAZ家族基因一路构建系统进化树,并停止分组。

做者抉择与较多的其他物种放一路做进化树,丰富了进化树的内容。

4.香椿JAZ成员的染色体定位

阐发了13个香椿JAZ在染色体的位置。

5.香椿JAZ成员的基因构造,构造域和守旧基序阐发

基因构造阐发发现香椿JAZ1基因构造明显差别于别的12个,香椿JAZ1没有UTR。

构造域阐发发现香椿13个JAZ基因都含有JAZ的两个守旧构造域TIFY和CCT_2(也称为Jas)。

守旧基序阐发了香椿JAZ基因的13个motif。

6.香椿JAZ启动子顺式感化元件阐发

统计了TciJAZ 基因的启动子的顺式感化元件数量,分六品种型。零丁统计了TciJAZ 基因的启动子上与激素反响元件和情况应激相关元件的数量,并对与激素响应元件停止了可视化绘图。

7.香椿JAZ基因家族卵白互做阐发

TciJAZs与差别TFs之间的存在调控关系,且每个JAZ均与多个差别的TF基因存在感化关系。

以上就是本文的生信阐发内容,能够看到即使是一区的基因家族文章,其生信阐发部门仍然是套路化的内容,接下来做者做了一系列尝试来验证香椿JAZ的功用,阐发香椿JAZ基因差别组织、差别胁迫下的表达形式的差别。

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