公安特警与武警特警的最大的区别就是：一个是民，一个是兵。
公安特警的主体成员是民事警察，其身份和普通人没有区别。人员通常由组建特警队的公安机关在其辖下机构的各个警种和当地（省/区/市内）公安院校的学员中选拔，并经特别训练组成。目前，只有省会和直辖市的公安机关可以单独组建特警队，但好象没有统一的建制，有的将防暴警察和特警分开独立设置、也有合二为一设置的……
武警特警的主体成员是现役的武警内卫的官兵组成，根据有关法律法规其身份纳入军人管理。
各省、自治区、直辖市的武警总队在区内主要的支队一般都设有特勤分队（包括内卫特勤、消防特勤等）。常说的武警特警指的是内卫特勤。
有人说武警特警和公安特警任务重叠，属于重复建设。其实不然，二者任务相似但是还是有比较明确的分工的：武警侧重反恐；公安特警侧重处置恶性刑事犯罪、涉枪涉爆等重大治安案件。
在地域上，二者相互补充：公安特警集中于中心城市；武警一般县级行政区域均有驻守。
目前拥有公安特警的城市还是很少的，已经建设公安特警的城市大都是省会、直辖市这种所属区域内特大、大型的中心城市。其相对于临近地区公安机关面对更多的恶性刑事犯罪、涉枪涉爆等重大治安案件。
对于这些案件，要使社会受影响最小，就需要一支可以快速反应、迅速扑灭罪行解除危机的队伍。这就涉及指挥系统的运转了。目前，武警内卫的指挥途径是总部对总队、总队对辖下分队进行垂直领导，虽然驻地的同级公安机关也有权指挥，但是需要至少市（县）一级公安机关首长的同意，并经武警有关领导方能动用武警特警（这在很多电视剧中都有或多或少的反映）。
作为公安特警则没有这些繁琐过程，只要局长同意，便可使用，指挥上也更方便（同一系统）。对于目前大多数刑事犯罪公安特警还是足够了，而且轰动效应相对武警要小（因为武警实行兵役制，民众习惯将其视为军人，处置犯罪动用武警会无形中加大影响）。
公安特警对付的是刑事犯罪中的重难案件，是国家公务员。
而武警特警是现役军人，真正意义上的反恐怖特种部队，
也称武警特种警察部队，对付的是政治有关的罪犯