完美政府负责、环保部门统一监督治理、有关部门协调配合、全社会共同参与的环境治理体系，主要措施包括：充分发扬环境保护部际联席会议的作用，促进部门间在重点流域污染治理、海洋污染防控、生物物种资源保护、重金属污染防治等环境保护领域，及时沟通情况，协调不赞同见，充分开展协同联动与信息共享，以推动生态环保任务的顺利落实。
把主要污染物总量控制要求、环境容量、环境功能区划和环境风险评估等作为区域和产业发展的决策依据。对环保目的任务进度严重滞后、潜在环境风险庞大或对重特大突发环境事件负有责任的地方，严厉控制新上存在较大环境风险的项目直至区域限批。依法对重点流域、区域开发和行业发展规划以及建设项目开展环境影响评判。
健全规划环境影响评判和建设项目环境影响评判的联动机制。完美建设项目环境保护验收制度。加强对环境影响评判审查的监督治理。从优化产业结构、合理布局、功能区划分、污染物总量控制、城市基础设施建设和重大工程项目等方面，对环境保护重点城市的城市总体规划进行环境影响评估，探索编制城市环境保护总体规划。
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