【序章 末日】一切都完毕了……但那只是起头。此次的故事，发作在《新轩辕剑贰》隐躲结局六个月后。神州扑灭，老友死亡。何然与古月圣带着心灰意冷的心绪逃离了那个世界，觅觅传说中的仙山岛。但一位白叟和一位年轻女子的谈话，预示着更大的阴谋隐躲在事务的背后。
（新轩贰剧情相关）何然与古月圣流落在海面上很久，却不断没有见到传说中的仙山岛。古月圣仍然没有平复本身的心里，成天以泪洗面。何然劝解无效，只得在船面上闲逛。闲逛时与古月圣谈话，会得到一些体味值。以后与许多NPC城市赐与体味值奖励，不要漏过每一个与NPC对话的时机。
突然一阵雾起，数十个强大的黑衣人随那大雾呈现在船上，二话不说拔刀便向何然古月圣二人冲来。二人的武艺并未目生，谁知人多势寡，击退一拨又一拨黑衣人，渐渐有些力有未逮。BOSS战一：仇敌为两个黑衣人·紫，两个黑衣人。何然群毒加二人通俗进攻可很快打过。
重视黑衣人弱火，黑衣人·紫抗火。何然的冷火剑为水火属性，所以何然打黑衣人，古月打黑衣人·紫。不到万不得已不要加血。难度系数：0。6BOSS战二：仇敌为一个黑衣队长，两个黑衣人·紫，一个黑衣人。可跳过。何然群毒再睡眠队长，古月平砍秒小怪。然后用更大火力打队长，恰当重视回复。
难度系数1。0正待危机之时，一位青衣侠客出手相助，替二人解了此围。
BOSS战三：仇敌为两个黑衣队长，三个黑衣人·紫。此战十分轻松，只要新加进的队友频繁出动"惊天动地拳"即可将其灭掉。难度系数0。1二人谢过青衣侠客，谁知他是……（枫之舞、黑龙剧情相关）
青衣侠客分开后不久，海面便刮起了龙卷风，小小的船只禁受不住冲击，被打的四分五裂，二人也被卷进海底下……。
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