在其《逻辑学系统》( 1843年）一书中，穆勒付与形式逻辑以证 明系统，阐明事实的结论是若何被证明的。他也更新了弗朗西斯•培根的因果阐发 看点，并扩展了大卫•休谟的理论，即原因与成果并没有逻辑联络，因果关系不外是各 类事务的恒常毗连。
在《政治经济学原理》( 1848年）一书中，阐述了 权衡人类价值与经济的差距，如情况的庇护和限造生齿。
他认为抱负的经济形式应该 是由员工自在协做社构成。
穆勒的《论自在》( 1859年）一书，是19世纪西方资产阶级社会科学 中的一部重要著做。在其时的汗青前提下，此书对责备封建专造主义思惟，鼓吹近代 欧洲的自在、民主看念曾起过积极的感化。那是他最受量疑的著做，因为它对社会舆 论的杠杆效应赐与了报复。
穆勒认为，民主社会强加给社会成员的公约不容许异类生 活体例的呈现，并且压制创造个性的做法，也就是把某些人自认为准确的看念和行为 原则强加给定见差别的人，从而迫使一切人被压进一个配合的、僵死的生活形式中。 他同时代的守旧者反对他所拥护的言论自在，即只要不涉及别人的短长关系，小我(成 人）就有完全的动作自在，其别人和社会都不得干预，只要当本身的言行危害别人利 益时，小我才应承受社会的强逼性赏罚。
他在《功利主义》（1861年） 一书中提出了更大大都人的更大幸福原则。
穆勒《论妇女的隶属地位》( 1869年）不断被视为经 典的女权主义著做。他最初的次要做品《宗教三篇论》 (1874年）表达了宗教的理性看点，既不是不成知论也不是无神论。
穆勒揣度，天主可 能存在，但是从人类所遭受的种种磨难看来，天主对人类并不是那么慈祥。
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