1944年2月18日，希特勒对纳粹谍报机构停止改组，先是命令撤销军事情报局的建造，将 其与中心保安局合并构成了一个名为戎行局的新机构，卡纳里斯则被调往更高统帅部顾问部任 贸易和经济做战局局长。因为军情局与党卫队的猛烈内讧和卡纳里斯的部属汉斯处长谋杀希特 勒动作的败事，卡纳里斯被迫下台，下台之后的他遭到连累被捕进狱，最初于1945年4月9日 在德国南部巴伐利亚外夫罗森堡监狱被处决。
那也是目前被认为他被判死刑最为可能的功名。
后来又有许多关于他的揣测，有的看点认为他其实是“黑色乐队”（德国地下反希特勒组 织）的现实组织者。有的看点认为他后来酿成了盟军的伴侣，他在后期的军工作报局工做中 表示其实不抱负，“马丁少校”事务中的表示就让人量疑。
史学家认为，他的一生平分为前期和 后期两个阶段，而那两个阶段就似乎是由浮士德向哈姆雷特的改变。卡纳里斯的间谍才调在 他投身纳粹时得到了足够展现，然后来的表示则没有那样耀眼。而那，就是那位纳粹谍王跌 宕起伏、充满盘曲和戏剧性的一生。
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