以下为主线剧情集数:
001 云霄飞车杀人事务
005 新干线大爆炸事务
054 电玩公司杀人事务
128黑衣组织10亿元夺劫事务
129 来自暗中组织的女子 大学传授杀人事务
176 与暗中组织的再会(灰原篇)
177 与暗中组织的再会(柯南篇)
178 与暗中组织的再会(处理篇)
230 谜一样的乘客(前篇)
231 谜一样的乘客(后篇)
258 来自芝加哥的须眉(前篇)
259 来自芝加哥的须眉(后篇)
269 立功的遗物 (前篇)
270 立功的遗物 (后篇)
271 隐躲匆忙中的省略(前篇)
272 隐躲匆忙中的省略(后篇)
277 英语教师VS西部名侦查(前篇)
278 英语教师VS西部名侦查(后篇)
279 迷宫的阴暗(前篇)
284 中华街 雨中的似曾了解(前篇)
285 中华街 雨中的似曾了解(后篇)
286 工藤新一纽约事务(事务篇)
287 工藤新一纽约事务(推理篇)
288 工藤新一纽约事务(处理篇)
289 迷惘丛林中的光彦(前篇)
290 迷惘丛林中的光彦(后篇)
307 无声的证据(前篇)
308 无声的证据(后篇)
309 与暗中组织的接触(交涉篇)
310 与暗中组织的接触(逃踪篇)
311 与暗中组织的接触(决死篇)
335 东京现影所的奥秘(前篇)
336 东京现影所的奥秘(后篇)
338 四辆保时捷(前篇)
339 四辆保时捷(后篇)
340 茅厕里隐躲的奥秘(前篇)
341 茅厕里隐躲的奥秘(后篇)
343 便当店的陷阱(前篇)
344 便当店的陷阱(后篇)
345 与黑衣组织曲面临决 满月之夜的双重谜案
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不协调音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不协调音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不协调音(尾奏曲)
394 奇异屋宇大冒险(封印篇)
395 奇异屋宇大冒险(把持篇)
396 奇异屋宇大冒险(处理篇)
425 黑色的冲击!组织之手迫近的霎时
427 充满神异的上学路(前篇)
428 充满神异的上学路(后篇)
429 无法回头的二人(前篇)
430 无法回头的二人(后篇)
446 被封印的欧式窗(前篇)
447 被封印的欧式窗(后篇)
462 暗中组织的影子 年幼的目睹者
463 暗中组织的影子 别致的照明
464 暗中组织的影子 谜样的高额酬劳
465 暗中组织的影子 珍珠的流星
466 坚不成摧的雪人(前篇)
467 坚不成摧的雪人(后篇)
479 和服部平次在一路的三天
484 黑色照片的往向(前篇)
485 黑色照片的往向(后篇)
491 红与黑的碰碰 初步
492 红与黑的碰碰 血缘
493 红与黑的碰碰 绝喊
494 红与黑的碰碰 冥土
495 红与黑的碰碰 昏睡
496 红与黑的碰碰 侵略
497 红与黑的碰碰 醒觉
498 红与黑的碰碰 搅乱
499 红与黑的碰碰 假装
500 红与黑的碰碰 遗言
501 红与黑的碰碰 嫌疑
502 红与黑的碰碰 雪白
503 红与黑的碰碰 决死
504 红与黑的碰碰 殉职
507 卡拉OK包房的死角(前篇)
508 卡拉OK包房的死角(后篇)
509 红白黄色与侦查团
510 柯南vs双重灯号之谜
511 推理对决!新一VS冲矢昴
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的实面目与兰的眼泪
523 实正想问的事
524 令人憎恶的蓝色火花(前篇)
525 令人憎恶的蓝色火花(后篇)
526 实凶送来的礼品
533 唤唤过往的伤痕
534 新伤痕与吹口哨的汉子
535 旧伤痕和刑警之魂
536 消逝的名画背后的奥秘
537 怪盗基德VS最强金库(前篇)
538 怪盗基德VS最强金库(后篇)
542 让鱼儿消逝的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消逝的一角岩(后篇)
以下为官方集数(中间不含魔术快斗集数)
646 鬼魂旅店的推理对决(前篇)
647 鬼魂旅店的推理对决(后篇)
648 侦查事务所笼城事务(发作)
651 柯南VS平次 工具侦查推理对决
652 毒药与幻影的设想(EYE)
653 毒药与幻影的设想(S)
654 毒药与幻影的设想(Poison)
655 毒药与幻影的设想(Illusion)。