001 云霄飞车杀人事务
002 董事长令媛诱拐事务
004大城市灯号地图躲宝事务（少年侦查团成立）
005 新干线大爆破事务(被柯南思疑的两个黑衣爆炸嫌犯并不是暗中组织)
013 希罕的觅亲杀人事务（宫野明美初退场）
043 江户川柯南诱拐事务(工藤夫妇晓得新一变小)
049 外交官杀人事务（下集）(服部平次退场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事务 (龙舌兰呈现，被炸死)
058 福尔摩斯迷杀人事务（下集）(平次晓得柯南的身份，二人成老友)
128 暗中组织10亿夺劫事务 （宫野明美灭亡，黑衣组织浮出水面）
129 来自暗中组织的女子 大学传授杀人事务 (灰原哀出场，说出药名是APTX4869）
162 飞天密屋 工藤新一最后的事务 （小兰回忆工藤新一最后的事务）
170 暗中之中的死角 （上集）（重要人物新出医生退场）
176 与暗中组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场，使命：谋害)
177 与暗中组织的再会（柯南篇）(宫野志保第一次恢复，皮斯克知其身份）
178 与暗中组织的再会（处理篇）（皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 -193危命的新生 系列
226 肉搏游戏的陷阱（上集） （墨蒂出场）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场）
242 元太的灾难（提到GIN是左撇子)
254 本厅刑事爱情物语4（下集）（新出医生可能发现了柯南阐发案情并操纵变声器）
258 来自芝加哥的须眉（上集） （詹姆斯·布莱克出场）
259 来自芝加哥的须眉（下集） （称唤柯南为福尔摩斯、Cool guy）
269 立功的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标曲指柯南）
270 立功的遗物 （下集）
272 仓猝掩饰的漠视（下集） （柯南被思疑，形势求助紧急）
274 鬼魂屋的本相（上集）（新出医生住所，柯南也认为新出听到了柯南阐发案情）
277 英语教师VS西部名侦查（上集） （柯南喊博士查询拜访克莉斯·宾亚德）
284 中华街雨中的似曾了解（上集） （小兰回忆起包罗克里斯和秀一的纽约的工作）
285 中华街雨中的似曾了解（下集）
286 工藤新一纽约事务（事务篇） （晓得克莉斯就是美国已故大明星莎隆·宾亚德的女儿。
） 287 工藤新一纽约事务（推理篇）
288 工藤新一纽约事务（处理篇）（贝尔摩德扮杀人魔退场，赤井秀一对其停止逃踪。兰晓得秀一是FBI。结尾处，莎隆对有希子说：我也有我的angel了，为后来做展垫）
307 无声的证据（前篇）（再次挠住暗中组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与暗中组织的接触（交涉篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神异的系统软件）310 与暗中组织的接触（逃踪篇）（对板仓的日志停止详尽研究，获得谍报）
311 与暗中组织的接触（决死篇）（逃踪组织，险些被Gin发现。
灰原哀对赤井秀一有觉得） 335 东京现影所的奥秘（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
339 四辆保时捷（后篇）（墨蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联络、贝尔摩德晓得灰原的身份） 340 茅厕里隐躲的奥秘（前篇）
341 茅厕里隐躲的奥秘（后篇）（灰原在茅厕中找到了妈妈的灌音留言）
343 便当店的陷阱（前篇）
344 便当店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂教师公寓墙后的照片，引起对墨蒂身份的思疑，为下一集中从墨蒂的后车厢呈现，并救下灰原，做出了展垫）
345 曲面黑色组织的对决!满月之夜的二元神异事务 （墨蒂、赤井、詹姆斯身份为FBI；贝尔摩德对柯南许诺：舍弃雪莉；阐了然286-288工藤新一NY事务的全数线索）
346 觅觅P股上的印记（前篇） （为上一集善后，茱蒂期看哀参与证人庇护方案）
347 觅觅P股上的印记（后篇） （哀回绝参与证人庇护方案）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（实正的新出医生回回）
375 星星和香烟的灯号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打德律风的按键音和贝尔摩德给Boss发简讯时的按键音类似，揣度boss在鸟取县）
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不协调音(尾奏曲) (boss的手机号是七个孩子的旋律）
394 怪屋大冒险(封印篇)（boss的手机号被柯南破解，哀似乎有些领会boss）
395 怪屋大冒险(把持篇)
396 怪屋大冒险(处理篇)
425 被组织的魔掌触碰的霎时 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到畴前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
462 暗中组织的影子 年幼的目睹者 （本堂瑛佑行事别致，引起柯南重视）
463 暗中组织的影子 别致的照明
464 暗中组织的影子 谜样的高额酬劳
465 暗中组织的影子 珍珠的流星 （结尾提到贝尔摩德的口头禅）
491-504 红与黑的碰碰 系列
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑晓得了柯南是工藤新一，说FBI发作了工作时，柯南一边笑，一边说：嗯，没事。
使赤井秀一的死更假了……）
509 红白黄色与侦查团（水无怜奈给墨蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门查询拜访雪莉。
冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W灯号之谜 （案子破解，柯南把家借给冲矢昴，并说：做为回报，要好都雅家；昴胜利躲过兰的进攻，并假装的像被踢到一样，搏击手艺应该不错）
511 推理对决！新一VS冲矢昴（标致的推理同步曲播，冲矢昴推理才能和柯南八两半斤；昴饮波本酒）
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的实正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
525 令人憎恶的蓝色火花（后篇）（顺利破案，柯南和昴共同默契）
542 让鱼儿消逝的一角岩(前篇)（冲矢昴取代博士来接少年侦查团，赶上案件）
543 让鱼儿消逝的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语曲逼灰原，灰原再次感应压迫感；结尾处，灰原盯着工藤家说：阿谁人、公然是……）
563 侦查团VS匪徒团(骚乱)（墨蒂被卷进匪徒案）
564 侦查团VS匪徒团(缄默)（疑似秀一的人退场，并用右手开枪救了柯南；少年侦查团晓得墨蒂身份)
578 召唤危机的红色预兆（FBI在觅觅秀一；冲矢昴也呈现在米花大厦）
579 黑与13的表示（疑似秀一的须眉和冲矢昴同时呈现，场面地步再次紊乱，赤井之死遭疑） 580 紧迫黑色的时限（Kir被思疑身份，琴酒预备让基安蒂狙击疑似秀一的人）
581 红色的扭捏目标。