主线剧情就是指柯南与暗中组织的决斗停顿的剧情吧
491 红与黑的碰碰 初步
492 红与黑的碰碰 血缘
493 红与黑的碰碰 绝喊
494 红与黑的碰碰 冥土
495 红与黑的碰碰 昏睡
496 红与黑的碰碰 侵略
497 红与黑的碰碰 醒觉
498 红与黑的碰碰 搅乱
499 红与黑的碰碰 假装
500 红与黑的碰碰 遗言
501 红与黑的碰碰 嫌疑
502 红与黑的碰碰 雪白
503 红与黑的碰碰 决死
504 红与黑的碰碰 殉职
(是与暗中组织有关的,但除了基尔(水无怜奈)回到组织陆续当卧底和秀一牺牲以外,没多猛进展。
507 KTV包房的死角（前篇）（水无怜奈的弟弟瑛佑也在)
508 KTV包房的死角（后篇） (那集中柯南竟告诉了瑛佑本身的实在身份)
509 红白黄色与侦查团 （暗中组织人物冲矢昴退场,水无怜奈说他很求助紧急）
510 柯南VS双重灯号之谜 (柯南竟让冲矢昴进住本身的家)
511 推理对决！新一VS冲矢昴 (那集能够不算,虽然有冲矢昴出场)
基德与柯南对决拉近他们的关系,为他们未来配合匹敌暗中组织做展垫(其实是我猜的啦,因为基德的父亲是被暗中组织所害,基德为查询拜访此事陆续顶父亲的"怪盗基德"名号做悍贼),所以关于怪盗基德的也应算主线剧情吧!
515 怪盗基德的霎时挪动魔术
521 杀人犯-工藤新一 (柯南误食哀的药变成新一)
522 新一的实在身份与兰的眼泪(在变回柯南时又一次食用哀的药,制止了身份的表露)
523 实正想问的事 (在要变回柯南时,兰拉着新一不放。
537 怪盗基德VS最强金库 前篇
538 怪盗基德VS最强金库 后篇 (此次竟是与基德的协做)
以上是2009。6。25为行500集以后的最新主线剧情 539集还没出来 。
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