海水中的细菌以革兰氏阴性杆菌占优势，常见的有假单胞菌属等10余个属。相反，海底堆积土中则以革兰氏阳性细菌偏多。芽胞杆菌属是大陆架堆积土中最常见的属。海洋实菌多集平分布于近岸海域的各类基底上，按其栖住对象可分为寄生于动动物、附着生长于藻类和栖住于木量或其他海洋基底上等类群。某些实菌是热带红树林上的特殊菌群。某些藻类与菌类之间存在着密切的营养供需关系，称为藻菌半共生关系。大洋海水中酵母菌密度为每升5~10个。近岸海水中可达每升几百至几千个。海洋酵母菌次要散布于别致或腐朽的海洋动动物体上，海洋中的酵母菌大都来源于陆地，只要少数种被认为是海洋种。海洋中酵母菌的数量散布仅次于海洋细茵。
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