墨印船即指1592年至1639年间持有幕府将军墨红印执照、能够处置海外商业的日本商船。墨印船商业期间，日原来往于海外的人数约有10万人，称的上是曰本的大航海时代。东南亚一些处所呈现了有数百以至上千的日本人定居，实行自治造。墨印船一般认为是文禄元年（1592年）丰臣秀吉创始的，但是近年来“德川家康说”也得到良多人承认。
墨印船输进了生丝、绢织物、棉织物、毛织物等中国商品，鲨鱼皮、象牙、胡椒、水牛角、铅、药等东南亚商品。输出物次要是银、铜、铁、硫黄等矿物，其他还有刀剑、工艺品等。其时日本是世界上屈指可数的产银国，有相当的购置力，对英国、荷兰、西班牙等国的西方商人来说极具威胁。
1608年11月30日，一艘日本“墨印船”的船员在澳门的船埠上与葡萄牙人发作纠纷，接着，他们上岸觅衅，打伤了前来劝解的澳葡官员。中日商业船队司令佩索和愤慨的兵士、市民一路停止还击，杀死、俘获近百名日本船员。1609年秋，动静传到日本，日本政府决定赏罚在长崎商业的佩索。
他们调集戎行于1610年1月3日对佩索的船队策动围攻。战斗继续到1月6日晚，最初，佩索点燃船上的火药库将本身连同价值上百万的金银和近3000担生丝全数炸沉海底，史称墨印船事务。
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