溥善寺与溥仁寺的格局大致相同，坐落在溥仁寺东北。寺庙面南，同样摘用汉式布局手法，沿中轴有山门、天王殿、大雄宝殿、后殿及两侧钟鼓楼，配殿等建筑组成。
山门外有一广场，左右各立一吗呢杆，门额上有石刻“溥善寺”匾。山门内有与溥仁寺相同的哼、哈二将。
山门左右有幢杆，山门北是天王殿，大殿面阔三间，殿内供奉布袋和尚、护法四天王和面北的韦驮。天王殿前有左右钟鼓楼，天王殿后是溥善寺正殿，殿面阔五阀，檐下悬挂康熙亲题“溥善寺”匾额。殿内供奉着三世佛即迦叶佛、释迦牟尼佛和弥勒佛，在释迦牟尼佛两侧侍立着大迦叶和阿难陀。
大殿左右有18尊罗汉像。在正殿的东配殿内供奉三尊密宗金刚像，西配殿供奉着“西方三圣”即西方极乐世界教主阿弥陀，也称无量寿佛。佛的两侧分离是看世音菩萨和大势至菩萨。正殿院中有一座铁香炉，以供焚香之用。
正殿北为后殿，面阔七间。后殿内面南供奉墨刻佛像20轴，像前设宝塔三座，塔内有佛经。
殿内明柱上有乾隆御笔楹联一副，总摄三摩资善果，普函万象护祥轮。”大殿两侧有绎龛、躲经122部。
后殿东西有五间配殿，东配殿内供奉密集金刚三尊，殿内两侧经龛内供丹珠尔经225部。西配释内供经塔一座，两侧经龛供丹珠尔经126部，后殿院中有精致的砖雕影壁。
后殿北有七间佛楼，楼内设有宝座、佛像及陈设，这里是喇嘛讲经之所，佛楼两侧有东西配殿各五间。
溥善寺也是康熙五十二年玄烨六旬盛寿时，蒙古诸部为祝寿而恭建。寺中主持揦嘛及一切费用由朝廷供给，此外，拨善地出租供寺院补贴。
由于岁久年深，此寺现已无存。
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