KEGG 怎么用?

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zaibaike
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步入页面后,次要就高度存眷右图方格里的文本,KEGG的次要就统计数据就在那儿了,次要包罗:

控造系统重要信息:Pathway(信号孔道

)、BRITE(微生物实体的社会阶层停止分类)、MODULE(DNA组件与机能停止分类);

DNA组重要信息:ORTHOLOGY(DNA嫡派相混界别)、GENOME(DNA组)、GENES(DNA与卵白量条目

);

化学重要信息:COMPOUND(氧化物)、GLYCAN(多肽)、REACTION(分子生物化学反响)、ENZYME(酶);

身心安康重要信息:NETWORK(相联系关系的互联网元素)、 DISEASE(病症)、Drugs(抗生素)、MEDICUS(身心安康重要信息资本)。

或者也能从KEGG2步入,邮箱为:https://www.genome.jp/kegg/kegg2.html 页面显示如下,文本统整,看上去较为整齐。

在KEGG2有两个比力重要的搜索框,用户能间接在此搜索,快速键“KEGG”则暗示在此则暗示在KEGG整个材料库中搜索,其他的快速键则则暗示只针对该快速键下的文本展开过滤器甄选。

1. KEGG PATHWAY

该些应该就是我们最熟悉的啦,也是KEGG材料库最核心的部分。不外多约勒,有需要的回帖,我拉维县再补足。

2. KEGG BRITE

该些是两个全主动创建的多层解释器的子集,捕获各类微生物对象的机能系统构造。它包容5个部分:DNA和卵白量、氧化物和化学反响、抗生素、病症、亚种和细胞。与限于大分子间彼此感化和化学反响的KEGG PATHWAY比,KEGG BRITE包容了许多不异的关系类别。我们能按照本身的科学研究标的目的在对应的部分展开搜索。

3. KEGG MODULE

KEGG MODULE是人工全主动表述的机能单位的子集,序号为M结尾,用于DNA组的注解和微生物化学解释。KEGG MODULE有三品种别:孔道组件、构造复合物和机能子集。我们能点选右图红色斜线所称的浅蓝色字进一步查看。

4. KEGG Orthology

沃尔县,KEGG把大分子互联网的相关重要信息联系关系到DNA组中,而推进亚种间的注解流程。材料库会把机能已知的DNA和它们的相混DNA做为一类,也就是两个KO,然后加上两个数字,将阿谁DNA的机能当做阿谁KO的机能。

假设相混DNA具有附近的机能,所以每个DNA的机能多元性就获得了拓展,若ADNA在甲亚种中科学研究得很清晰了,和乙亚种中的BDNA是相混DNA,所以AB是相混DNA,表述为两个orthology,将ADNA做为阿谁orthology的机能。如许不异亚种间的DNA机能科学研究就联络起来了,科学研究成果获得充实运用。

5. KEGG GENOME

截行9月1日,该些共搜集了6105种亚种(534 eukaryotes, 5272 bacteria, 299 archaea)的DNA组重要信息和完好的DNA组字符串,并会按照EST统计数据集展开补足。

6. KEGG GENES

该些搜集了实核微生物、实核微生物和病毒的DNA在DNA组上的重要信息,与此同时可展开DNA控造点,搜索相混DNA、旁收相混DNA和DNA的motif。

7. KEGG SSDB

该些是DNA组中卵白量代码DNA的胺基酸字符串附近性的材料库,与此同时可将附近的DNA展开控造点。而且该些还供给两个做控造点树的机能。输入DNA,并点选“Draw dendrogram”即可。例图如下:

8. KEGG DISEASE

在阿谁部分,病症被视为大分子控造系统的扰动形态。

我们能点选“Human diseases”、“Infectious diseases”、“Human diseases in ICD-11 classification”查看与病症有关的孔道。KEGG会展现每个病症的描述、停止分类、相关的DNA、病原、致癌物等重要信息。

9. KEGG NETWORK

该些和上面的KEGG DISEASE比力像,它是KEGG测验考试从侵扰的大分子互联网中获取有关病症和抗生素的重要信息。该些次要就包容了癌症、内排泄和代谢性病症、病毒和细菌传染三部分文本。

10. KEGG DRUG

该些包容的抗生素为在日本和美国上市的抗生素。我们能在上面的搜索框展开搜索或者查看下面的抗生素停止分类。

搜索成果如下:

点选蓝色的搜索成果里的蓝色超链接能进一步查看详细抗生素和病症的重要信息。

11. KEGG ENVIRON

该些次要就是一些“原料药,精油和其他促进身心安康的物量”,搜集了它们的大分子构造、大分子量、靶点、影响孔道等重要信息。那也是阿谁材料库的两个对“什么才叫抗生素”的立场吧,我们日常认为的一些活络油,中草药等等就在不在上面说的“抗生素”范围,而在阿谁里面了,科学研究中草药的同窗能看看。别的,该些也搜集了一些有害身心安康的物量。

12. KEGG MEDICUS

该些是病症,抗生素和与身心安康有关的物量的综合重要信息资本,其目的是将DNA组革命带入社会。

目的仍是很宏大,也做了一些整合,就是将所有的重要信息放在了两个框架里,搜索的时候就会将每个部分的重要信息展现出来。至于怎么对待那种整合,就仁者见仁智者见智了。、

以上。

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