由于水是富含钙离子，水流缓慢，所以经过长年的沉积，水中慢慢生成不同外形的沉积。
湖水色彩的起因，主要源于湖水对太阳光的散射、反射和吸取。太阳光或自然光是由不同波长的单色光组合而成的复色光，在光谱中，由红光至紫光，波长逐渐减小。
九寨沟的湖水呈现艳丽的蓝绿色，说明湖水中短波长的散射远大于长波长，这就是瑞利散射（RAYLEIGHSCATTERING）效应。瑞利散射效应在九寨沟的湖水中之所以尤为突出，主要是因沟内植被郁闭度高、水循环条件较畅通以及石灰华对悬移质的固定作用，从而使水中悬浮物、有机物、浮游生物极少，
湖水的洁净度和透明度极高。
湖水中常见的CA2 、MG2 ，HCO3-等离子也有增强短波光散射的作用。同时由于湖水透明度高，湖底的灰白色钙华、黄绿色藻类对透射光的抉择性吸取和反射，也增加了湖水色彩的层次和变化。另外，九寨沟的湖泊处于地形起伏很大的深切峡谷中，不同地段同一时间、同一地段不同时间，太阳光的进射角及进射量、湖水表面对光的反射状况和湖水的透明度都有很大的变化，因此也造成了湖水色彩的更加变幻多姿。
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