远在千万年以前，艾丁湖还是一个面积比现在的湖水面积大1000倍的淡水湖泊。而今日艾丁湖，除西南部还残存很浅的湖水外，大部分是皱褶如波的干涸湖底
湖水主要由火焰山的泉水、坎儿井水以地下水形式补给，地表径流主要来自白杨河经托克逊灌区后的馀水。因此在冬季浇灌需水量不多，蒸发量减小时进湖水量增加，水位升高。夏季灌区用水量多，进湖水量减少。湖水位年最大变幅在45公分左右。由於蒸发强烈，夏季湖水矿化度高达210克╱升。目前湖的北部已逐渐乾涸，湖盆残留大片盐壳。随著河流上游兴建水库，农田冬灌普遍妥善，湖水补给来源将日趋减少。
所以，艾丁湖一旦干枯当地农业将遭到毁灭打击。
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