(一)柯南终究打败黑暗组织并找到恢复身体的方法,与小兰共结连理。后来两人有了爱情的结晶(一个男孩),取名为工藤柯南……
(二)柯南终究打败黑暗组织并找到恢复身体的方法,但小哀在与黑暗组织的决战中为掩护新一不幸被琴酒枪杀。新一与小兰共结连理,后来两人有了爱情的结晶(一个女孩),取名为工藤志保……
(三)柯南终究打败黑暗组织并找到恢复身体的方法,但毛利小五郎在与黑暗组织的决战中壮烈牺牲。
新一继承了毛利侦探事务所,与小兰共结连理并改名为毛利新一,后来与小兰有了爱情的结晶(一个女孩),取名为毛利洋子……
(四)小兰知道了柯南的真实身份后恼羞成怒,用空手道修理柯南,结果用力过猛酿成无法挽回的悲剧……
(五)柯南终究打败黑暗组织并找到恢复身体的方法,但在新一向小兰告白前夕,小兰遭遇车祸……
(六)在与黑暗组织的决战中,小兰不幸……,志保和新一远走高飞……
(七)全体被黑暗组织抓住后乱枪扫射……
(八)全体被黑暗组织抓住后捆住手脚丢到海里喂鲨鱼……
(九)柯南在与黑暗组织的决战中和琴酒同归于尽……
(十)打败黑暗组织后,柯南没能变回来,向小兰表白身份后,两人移居美国医治柯南的侏儒症……
(十一)柯南终究打败黑暗组织并找到恢复身体的方法,但小哀因嫉妒用APTX4869给小兰投毒,并毁掉了解药逃走,新一只好服下最后一颗APTX4869,又变回了柯南……
(十二)柯南终究打败黑暗组织,但却无法再恢复成工藤新一,向小兰说明一切后,两人洒泪分手……几天之后柯南的班上转来一个很可爱的小女孩,柯南看到她时一下子惊呆了(你知道是谁了吧)。
女孩微笑着对柯南说:“我会永远和你在一起,你再也赖不掉了!”若干年之后在夏威夷的海滩上出现了一对年轻的情侣……
(十三)知道恢复无望的柯南心灰意冷,在这时却得到了哀的慰问。在哀的默默鼓励下,柯南终究恢复了信心,持续向未知挑战,而两人的感情也就此产生了……
(十四)柯南终究击败了神秘组织,但最终一战中,头部却受到了重伤,并且丧失了全部记忆。
由哀处得知事情真相的小兰,却没理由逼迫一个小学生去思索过去的事情。于是,柯南做为一个小学生侦探,与他的伙伴们一起成长着……。