逆鳞现世，魔障起；风云涌动，英雄出。《金刚之印》的故事从上古三族没落、新生种族人类崛起开始，随着游戏进程的推进，游戏世界也会随之改变，让玩家在不同的游戏背景世界中徜徉。人族以重建的三座圣城为根基茁壮发展，原本的平静生活，却因上古三族的再次崛起，燃气滔天战火。
三座圣城遭大肆进攻，面临沦陷。即使是偏远的村落也遭到各类妖怪的荼毒。世界即将陷入黑暗之中，需要玩家一步步去弄清真相。玩家的命运又将和整个人类的命运联系起来。旱魃之战三族在千百年间争夺晶石能源的过程中引起了两战之祸。第一次召唤了来自暗黑世界的巨型生物“鳌”，三族不得不结为联盟，集齐三元之力联手消灭了鳌并将其尽数烧结成山石。
鳌之战后，巫妖仙三族首领都在潜心研究“逆鳞”能量增幅下的新法术。而第二次竟召唤出了一头极具暗黑力量的不可控生物——旱魃！三族在与旱魃的战斗中损失惨重，十二祖巫除土之祖巫外尽焚为石骸；妖族东帝消失，妖皇受感染灰飞烟灭。仙族释无尽不敌旱魃,形体消亡之际对自己使用了灵体分离术,精神体飘荡时,他看到了人类,也看到了最后的希望。
人类在长期被奴役的过程中渐渐启智，旱魃之战中村落被毁，亲人被杀，不明真相的人类难抑悲愤，群起反叛。土之祖巫对人类的管理相对友善，成为人类口中唯一的真神。释无尽遂假借真神之名指引人类对抗旱魃。巫妖仙三族牺牲自己为人类开路，与人类齐心协力，最终把旱魃封印进世界之脊的黑洞中。
人类逆袭战后人类开始大量铸造逆鳞武器，巫妖仙三族精怪实力大幅度削弱，一部分人类变得十分激进，不顾巫妖仙三族精怪在旱魃之战中的功劳，凭借逆鳞武器的压制开始大肆屠杀三族精怪。为避免灭族，计都向三族首领献计，使用昊天镜联合三元之力发动金刚之印让人类圣城大罗天毁灭无踪。
为了历史的荣耀，人类开始篡改那段受屈辱被压迫的历史，真正的历史已经慢慢被掩藏。