摩尔根创立基因理论是这样的理论：
有一名大科学家，他不但自己想象力丰盛，还非常善于挖掘利用同事们的好点子。他的许多意义深远的思想都不是直接由自己提出来的，比如，在开展果蝇研究时，为了更好地把一些适合研究的人联合在一起，他摘取了民主和不拘礼仪的工作方式，听任同事们发表一切设想。
据他的学生穆勒尔回忆，这位大科学家虽然最善于利用他的同事和学生的思想成果，却不独占研究成果，就连他的诺贝尔奖也拿出来和他的终身助手及同事分享，而且还承担了助手的子女受教育的全部费用。这位大科学家就是被誉为经典遗传学泰斗的托马斯•亨特•摩尔根。
摩尔根(1866〜1945年)出身美国的一个豪门大族，从小养成了良好的生活习惯。他热爱大自然，喜爱户外活动，经常四处游历，最终献身于探索自然的科学事业。
1880年，摩尔根考进肯塔基州立学院预科，后转进学院本部。1886年获得学士学位，同年进进霍普金斯大学研究生院进修，主攻生物形态学，4年后获博士学位，此后在该领域颇有建树，成为一名年轻的博物学家。
他曾随美国地质勘探队赴野外考察，期间对各种生物的性状发生兴致，遂逐渐转进实验生物学研究领域。
那时，生物学已发展到一定水平。特別是1904年，美国的萨顿证实了染色体成对存在，每个配子只包含一对染色体中的一条，每条染色体携带多个遗传因子。到了 1909年，丹麦的植物学家约翰逊以“基因” 一词替代以前的所谓“遗传因子” 一词。
为了进一步探索染色体中基因的存在状态和排列特征，1908年，摩尔根开始了闻名的果蝇实验，专门研究这一课题。
摩尔根将捕捉的果蝇在实验中的特定条件下加以培养，如让它们食各种各样带刺激性的食物，使它们的产卵过程以及幼虫的成长分离在较髙暖和较低温环境中完成，必要时对其进行紫外线照射以促其发生变异等。
经过很长一段时间，摩尔根发现果蝇有4对染色体，但雌雄果蝇所产生的配子的染色体状况有所差异：雌配子产生时从母体细胞的4对染色体中各得一条，所以该种配子所含染色体相同，均呈棒状，而雄配子的染色体中只有3条相同，第4条为钩状。在此基础上，雌雄配子结合发育成的雌性果蝇体细胞中的4对棒状染色体完全成对，雄性果蝇的细胞中则仅有3对棒状染色体成对分布，第4对由1条棒状染色体和另外的1条钩状共同组成。
摩尔根将区分性别的染色体称为性染色体，他由此得出结论：生物性別由性染色体决定。
1910年4月，摩尔根的实验又获得突破性进展。一次，他对一群红眼果蝇进行X 射线照射，在子一代个体中发现一只白眼雄果蝇。他随即让这只白眼果蝇与未经X 线照射的红眼果蝇交配，结果完全符合孟德尔法则：子一代清一色全是红眼果蝇，子二代的个体则出现分化，1/4为白眼果蝇，且全部是雄性，其余的3/4则为红眼果蝇。
摩尔根对此分析后认为：眼色由一对基因控制，其中红眼为显性，白眼为隐性。
为了清楚地解释这一过程，摩尔根把雌性染色体称为X，雄性染色体为Y。他认为未经X线照射的果蝇的X染色体携带红眼基因，而Y染色体只携带性别基因，没有决定眼色的基因。在X线的照射下，其中的一只雄果蝇的X染色体生成了隐性白眼基因。
子一代中雌蝇的两条染色体分离，自母方的X(带红眼基因)和来自父方的|X(带白眼基因），最终显性的红眼基因性状得以表现；雄蝇的染色体组成是来自母的X(红眼基因)和父方的Y(仅带性基因），也呈现红眼特征。子二代个体的眼色出现分化，按照孟德尔法则揭示的规律，红白眼臬蝇数量比为3 : 1，而且白眼果蝇均为雄性。
在实验的基础上，摩尔根整理出版了《基因论》一书，总结自己在基因领域的研究成果，并且回纳了 20世纪以来20多年的遗传学研究成就，这标志着孟德尔一摩尔根孥派的成熟。