在游戏故事一起头，配角山姆费舍尔（Sam Fisher）清查杀死女儿 ( Sarah )的凶手，却发现女儿（Sarah并未灭亡。其实兰伯特发现NSA内部有间谍后为了庇护SAM和Sarah，对一贯信赖他的SAM扯谎说Sarah出了车祸，其时Sarah已经被Grim奥秘庇护起来。
）与本身原先工做的第三梯队（NSA Third Echelon）有着千丝万缕的联络，还发现某个阴谋以至牵扯到他以前所曾经相信的间接指导，兰伯特。为了找到女儿，山姆费舍尔不能不选择和曾经的女同事Grim合做，与NSA匹敌，使得原NSA顶尖谍报员的他，一夕之间成为全面通缉的逃犯。
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