美国空军的更高指导机构是空军部和空军顾问部。空军部是行政指导机关。空军部长负责指导空军顾问长和空军各大司令部、队伍、后备队和其他本能机能机构。空军手下设空军顾问部，后者是空军的更高批示机构，负责造定空军建立方案纲领、停止人员弥补训练和空军的手艺配备，拟定做战和发动方案，研究日常平凡与战时空军队伍的组织机构，指导与批示空军队伍的做战、训练、侦查活动，造定各类条令等。
空军顾问长是顾问部的主官，职责是帮忙空军部长指导、办理空军队伍，空军各大司令部均向其陈述工做。2006年美国空军基地散布地图
美国空军队伍建造中，航空军(NAF)级别更高，仅次于一级司令部。一般情况下，NAF由若干个联队构成。
以前NAF做战任务其实不明显，次要是动作办理单元。美国空军转型后，NAF数量最末削减至10个摆布，并改组为“战斗批示部”(WFH, Warfighting Headquarters缩写)。WFH类似美陆军转型后的“调派单元”性量，可充任“结合特遣队伍”或“结合队伍空中批示部”角色，具备批示结合兵种做战才能。
WFH的前沿批示是“综合空天做战中心”(CAOC)。CAOC体系体例已在阿富汗和伊拉克战争期间推广，获得一致必定定见，被视为美军收集中心做战的范例。2005年期间，美国空军撤销了第3航空军，对第16航空军施行WFH改组。第9航空军和第12航空军也别离改构成为各自战区内的WFH。
第1航空军可能是下一个WFH。承平洋空军因其笼盖范畴普遍，情况差别于其他战区。其所属4个航空军有可能全数予以保留，第13航空军从关岛移至夏威夷，与第7舰队靠近，底子目标是加强西承平洋海空力量以阻摄朝鲜及中国。第13航空军也因而被选定为承平洋空军的WFH。
另一种可能性是把驻韩第7航空军与驻日第5航空军合并，或淘汰第11航空军。筹办役空军目前存在2个航空军建造处置空中灵活使命，而现役空军却只要1个不异任务的航空军，所以第4航空军与第22航空军合并的可能性也很大。战略空兵力量方面，第14航空军与第20航空军固然任务不是完全吻合，但同属空军航天司令部，并且美国空军不断把战略导弹算为空间专业，合并可能性也是存在的。