瑞典最南部的村庄里住着一个名叫尼尔斯的小男孩，他是一个性格孤僻的孩子，不喜欢阅读书籍，而且对动物充满敌意，一次，他在捉弄小狐仙时不小心被气得变成了一只拇指大小的巨人。
这次经历并没有像预期那样让他变得自闭，相反，他却因此结识了许多新朋友，并且学会了如何帮助别人，一天，他决定拯救他的雄鹅——一只巨大的白鹅，雄鹅想要离开家，但尼尔斯阻止了它，结果却被雄鹅骑上了背。
就这样，尼尔斯开始了他的冒险之旅，他和他的朋友们一起乘着大雁飞向远方，在这个过程中，他不仅遇到了许多有趣的朋友，还经历了许多挑战。
最令人心动的一幕是尼尔斯为了保护灰雁而与狡猾的狐狸斯密尔斗智斗勇，斯密尔多次试图伤害尼尔斯，甚至计划将他卖给动物园，但在尼尔斯的帮助下，斯密尔最终还是被抓获并释放了。
故事中最令人感动的部分莫过于尼尔斯和高尔果之间的友谊，高尔果是一个年长的老雕，被囚禁在动物园的笼子里，无法自由飞翔，尼尔斯发现了高尔果的情况，决定帮助它逃跑，高尔果安全回到了天空，尼尔斯也因此解开了与艾卡之间多年的误会。
回到家乡的尼尔斯再次变成了普通人，他的父母看到他后十分高兴，一家人团聚在一起，在这一路上，尼尔斯收获了勇气、智慧和友情，成长为一个更加成熟和有责任感的年轻人。
终于，尼尔斯带着感激之情告别了他曾经陪伴过的雁群，他知道无论未来怎样变化，这段旅程都将永存他的心中，成为他生命中最珍贵的记忆之一。
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