根据国税发[2004]88号《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》的要求，区分收进性质分离核算，对提供运输劳务取得的运输收进开具货物运输业发票并按“交通运输业”税目缴纳营业税；对提供其他劳务取得的收进开具服务业发票并按“服务业”税目缴纳营业税；对不按规定分离核算其应税收进的，一律按“服务业”税目缴纳营业税。这样，以自开票运输为主的物流企业在税收政策上营业税按照税率3%执行。而有些企业因自备运输工具的产权问题上存在某些问题，而没有达到自开票纳税人标准，行业认定为运输代理业，营业税率按照5%执行。由此，我们可以看到，同为“物流企业”，却因自身条件的不一，某些条件限制，在税收政策的执行上也是不尽相同的，同一行业执行税率不同，税赋不公平现象由此产生。
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