前提：新武将，忍者修行中。在某个町(随机)的酒屋碰到一个醒汉，醒汉告诉你去某个町(随机，一般靠近某个忍の里)的宿屋找あや(嘴里咬头巾的忍者MM)。若是你已经参加了离阿谁町很近的忍の里的话，找到あや会叫你间接去见领袖；不然会给你一些钱叫你去参加阿谁忍の里。
来到指定的忍の里，间接到忍者屋敷去见领袖，他会叫你修炼到上忍再说，于是一番苦练成为上忍。再度进入之后，领袖会叫你去某个町(随机)的马屋拿指令，和あや一路动身来到指定地点拿到指令，本来是谋害某个大名家 (一般为自己的忍の里所撑持的大名)的当主。
那个难以想象的号令让仆人公非常为难，最初仍是决定去施行。来到城内，比及晚长进入内城时会被统一个忍の里的忍者发现，不管怎么解释对方都不信赖，于是只好大战一常打败敌手之后又被家臣所发现，再打一场之后毕竟无法完成使命而逃走。身负重伤的仆人公同时还被大名家和所在的忍の里逃捕，所幸あや还肯信赖你，她护送你来到奈良町，在职人本阿弥光悦家住下养伤。
不久之后，在あや的精心赐顾帮衬下仆人公的伤很快好了。两人听到动静说所在的忍の里的忍者领袖在京町活动，于是仆人公决定到京町去，那时候あや毕竟站出来阻遏你，并说愿意和仆人公一路过隐居生活。那里有个选择，我选择了去京町，不外估量选择隐居也不会有好结局，至于为什么后面会说到。
和あや辞别之后来到京町，碰到维持治安的三好家臣，仆人公通上变名：石川武右卫门。接下来比及晚上会碰到一个忍者，他是忍者领袖的外甥，打败他之后会告诉你一件密闻：本来仆人公是上代忍者头领的遗子，如今的领袖是篡位的。仆人公身上的印记表白了那一点。接下来就要和忍者领袖对战了，对战之前领袖展现了他的变拆术，本来他已经晓得仆人公在奈良，而他已经将实正的本阿弥光悦囚禁，他假扮成光悦筹办近期下手除掉仆人公和あや。
此战若是输掉就会被当做悍贼武右卫门而杀掉，而あや得知动静之后也殉情他杀。若是获胜，则忍者领袖在临死前会忏悔本身的做为，并恳求仆人公接替忍者领袖职位，以免所在的忍の里消亡。回到奈良，放出光悦并和あや团聚，于是仆人公和あや有恋人末成眷属，那时候会询问能否完毕游戏，若是完毕就能够看到“忍者头领”的结局。
幽谷之声