治脾胃俱虚，不克不及 消化水谷，胸膈痞闷，腹胁时胀，比年累月，食减嗜卧，口苦无味，虚羸少气： 乌梅（去核焙干）、 干姜（炮）各四两， 小麦蘖（炒黄）三两，神曲（捣末炒）六两二钱。上件为末，炼蜜和搜为丸如梧桐子大，每服十五丸加至二十丸，米饮下，日二服，不计时候。
（《局方》消食丸）
治脾虚不克不及磨食：神曲四两，白爪三两， 人参一两（俱炒），枳实（麸拌炒）五钱， 砂仁（炒）四钱。共为末。饴糖为丸，梧子大。每迟早各服三钱，白汤下。（《方脉正宗》）
治时暑暴泻及饮食所伤，胸膈痞闷：神曲（炒）、苍术（米泔浸一宿焙干）各等分。
为末，面糊为丸，如梧桐子大。每服三十丸，不拘时，米饮吞下。（《局方》曲术丸）
治暴泻：神曲（微炒），吴茱萸（绿色者拣净，泡洗七遍）各一两。上二味为细末，以酸米醋为丸如梧桐子大。每服五十丸至一百丸，空心食前米饮汤下。（《百一选方》孙盈仲?断下丸）
治歇息痢，日夜不行，腹内冷痛：神曲、芜荑、吴茱萸各等分。
熬，生姜天然汁和丸，如梧桐子大。食前粥饮下三十丸，（《普济方》神曲丸）
治产后冷痢，脐下?痛：神曲三两（微妙令黄），熟干地黄二两， 白术一两半。上件药捣细罗为散。每服，以粥饮调下二钱，日三、四服。（《圣惠方》神曲散）
治食积肉痛：陈神曲一块。
烧红，淬酒二大碗服之。（《摘元方》）
治产乳运绝，亦治产难：神曲末，水服方寸匕。（《令媛方》）
治产后瘀血不运，肚腹胀闷，渐成臌胀：陈久神曲一斤。捣碎，微炒磨为末。每迟早各服三钱，食前砂仁汤调服。亦可治小儿食臌胀。（《本草汇言》）
外感伤食：《本草备要》曰：“辛散气，甘调中，温开胃，化水谷，消积滞”。
外感风寒，内伤饮食，恶寒发热，头痛无汗，鼻塞声重，时流清涕，喉痒咳嗽，肢节酸疼，腹部胀满，恶呕不食，或兼泄泻，舌苔薄白，脉象浮紧。治当外散风寒，内消食伤，神曲辛温以发汗解表，甘温以调中消食，表里兼治内外双解。
伤食吐泻：《本草蒙筌》曰：“下气调中，行泻开胃，化水谷，消宿食。
”饮食不节，暴饮暴食，脾胃受伤，胃不受盛，脾不转输，胃气上逆则吐，脾性不升则泻。症见：脘腹痞闷，暖气厌食，吐逆酸腐，泄下粪便，臭如败卵，腹疼拒按，得食尤甚，吐逆略舒，舌苔厚腻，脉象滑数。神曲，既可健脾和胃，又能消食化滞，故当首选。
消积行痢：《珍珠囊》曰：“养胃气，治赤白痢”。
饮食过度，恣食甘肥，停滞于胃，积壅不化，复感 湿热，湿热食积，交阻于肠，伤及血络，化腐成脓，赤白稠浊，兼杂而下，泻下不爽，里急后重，腹疼拒按，苔腻脉滑。神曲健脾，消食化积，与清利湿热之品相伍，共治痢疾。
脾虚胀满：《素问?阴阳应象大论》曰：“湿气在上则生腠胀”。
脾胃虚弱，中阳失运，清阳不升，浊阴不降，日久成积。则见纳呆食少，脘腹胀满，饭后加重，大便溏薄，舌淡苔腻，脉弱无力。治当健脾消积。神曲甘温，健脾和胃，消积导滞。共同补脾之品，健运中焦，消补并行，胀满可除。
下气消痰：《本草备要》曰：“治痰逆”。
“脾为生痰之源，肺为贮痰之器”，脾胃虚弱，中阳不运，则生水湿，聚而为痰。症见：咳嗽咯痰，量多清稀，舌淡苔腻，脉象濡滑。神曲可健脾消食，使中阳健运， 痰湿不生，且有下气消痰之功，故治咳喘，痰涎壅盛。
产后回乳：产后勿须哺乳者，用神曲可回乳断奶。