《搜神记》次要内容是记载鬼神怪魅，做者著此书的大旨在于“创造神道之不诬”，该书是较早集中记述神话传说、俗闻逸事的专书，共搜集故事464篇。书中故事大都源于神话传说、宗教演义和民间传说风闻，固然虚妄荒谬，却也各有理寓。讲忠孝节义的，反映儒家概念；讲仙人术数的，植根道教思惟；表示因果报应的，源于佛学目标；惩恶惩恶则是三教殊途同归的目标。
若是我们撩开其鬼魅世界的奥秘面纱，能够窥见民俗风情，能够领会世道人心。书中有良多鬼故事：有的写人鬼相恋，如卷十六《紫玉》、《附马都尉》、《汉谈生》、《崔少府墓》等，那些故事或者反映帝王扼杀自在爱情的专造，或者反映女子对婚姻和生儿育女的巴望，都写得情节盘曲，楚楚动听；有的写鬼扬善惩恶，如卷五《赵公明参佐》中勾魂使者徇情枉法，放还阳寿已尽的高官王佑，阴曹使者密意地述说放他生还的理由，“卿位大常伯，而家无余财。
向闻与尊夫人辞诀，言辞哀苦。然则卿国士也，若何可令死？ ”又如卷十七《倪彦思》中，鬼怪痛斥前来驱鬼的典农：“汝取官若干百斛谷，藏著某处。为吏污秽，而敢论吾！”那贪官污吏被揭疮疤，立即“大怖而谢之”，民怨沸腾；有的写不怕鬼的故事，最出名的是卷十六的《宋定伯》，宋定伯不怕鬼而能造鬼获利，很耐人寻味。
称道英雄人物的凛然正气与鄙视鬼神魔鬼是本书的主题之一，那类做品中传颂最广的是卷十九的《李寄》。无能昏官年年搜求童女祭祀巨蛇，巨蛇先后吃掉九个女孩。童女李寄毛遂自荐，愿做祭品，设法将巨蛇杀死。李寄的智勇双全，令人钦敬。本书中的神怪故事都有“神道设教”警世醒俗的意味。
神道一如人道，有正有邪有善有恶有宽有猛，天性各不不异。同样是常人戏谑地指神像为婚，卷四《张璞》中的f君义还二女，而卷五《蒋山祠（三）》中的蒋侯却逼死三子，贤与不肖相映成趣。魏晋人太信神，因而多淫祀，本书对那种现象有所提醒。卷十九《丹阳道士》写龟、鼍之辈冒充庙神，徒费人世祭祀酒食后来毁庙杀怪，处所才承平无事。
卷五《张助》更妙，桑树浮泛中生出李树，目痛者偶尔歇息树阴下，碰巧康复，于是哄传有神，能使盲人复明。因而不管远近的人都来祭祀，“车骑常数千百，酒肉滂沱”。后来被张助道出原委，拆穿圈套。那则故事对其时滥信神者无疑是当头棒喝，具有反迷信色彩。本书漂亮篇章很多，到处颂扬的还有卷十一《三王墓》、《东海孝妇》、《韩凭妻》等。
那些故事反映了社会上层统治者的残酷、荒淫和昏聩，下层苍生无辜惨死的血海深仇以及他们巴望复仇申冤的强烈心态。《三王墓》中干将、莫邪的儿子眉间尺为报父仇决然自刎，借手侠客，通过奥秘的体例最末杀死楚王，那种复仇精神具有震撼人心的力量。那个故事固然虚幻，成果却民怨沸腾，因而被广为传诵。
鲁迅先生还将那个故事改编成小说《铸剑》，收在《故事新编》中。《韩凭妻》中荒淫无耻的宋康王活活拆散韩凭、何氏一对恩爱夫妻，并将他们虐待至死。成果韩凭夫妇固然未能同穴而葬，然而两墓各生大梓树，“屈体相就，根交于下，枝错于上”。树上迟早栖息着一对鸳鸯，交颈悲鸣。
在悲剧色彩中，显示他们没有被帝王的淫威所征服，以超天然的力量从头慎密连系在一路，表示出至死不渝、忠贞不平的抗争精神。那个故事的结局与汉乐府《孔雀东南飞》末尾“两家求合葬，合葬华山傍。工具植松柏，摆布种梧桐，枝枝相笼盖，叶叶订交通。中有双飞鸟，自名为鸳鸯，仰头相向鸣，夜夜达五更”很类似，也和后世戏曲《梁山伯与祝英台》末场彩蝶跟随双飞情景相似乎，都是不向暗中权力屈就的象征，有浓郁的浪漫色彩。
《东海孝妇》是一出名冤案，孝妇周青被昏聩的太守判成死功，行刑时鲜血逆流而上旗杆，行刑后东海萎旱三。那个故事与卷七《淳于伯》情节类同，都是对“刑罚妄加”暗中司法的控诉和揭露。总之，《搜神记》464篇小说中有良多貌似离奇、实则普遍深入反映社会现实的故事，读者在品尝怪诞情节的同时，也可以形象地领会汗青，遭到启迪。