自1986年以来，新疆先后成立了各类天然庇护区21个，其 中国度级庇护区3个，总面积1046多万公顷，为庇护生态情况， 遏造天然情况恶化趋向获得了很猛进展。新疆的次要天然庇护区如下：天池天然庇护区位于阜康境内，1980年该庇护区列为国 家级天然庇护区。
天池是新疆出名的高山湖泊，庇护区也是国度 级光景名胜区。巴音布鲁克天鹅庇护区位于西天山中段的巴音布鲁克草原上，1986年列为国度级天然庇护区。阿尔金山天然庇护区位于若羌、且末县境内。1985年3 月被国务院批准列入国度级天然庇护区，面积4。 5万平方公里的 原始高原生态情况包罗高山戈壁、高山湖泊、石灰岩喀斯特意 貌，以及高原各类野生植被等，是我国更大的天然庇护区。
庇护区内国度级一类庇护动物有：藏野驴、藏羚、野牦牛、野骆驼、 黑颈鹤等珍稀野生动物。甘家湖梭梭林庇护区庇护区位于塔城地域和博尔塔拉蒙古甘家湖梭梭林自治州之间，面积约900平方公里。梭梭属落叶灌木，它以耐寒、耐热、耐盐碱获抗风固沙舞军的称号。在准噶尔盆地西部拥有73370公顷的家园及8000公顷的自留地，与胡杨、红柳、沙枣、芦苇一路组建成一道防风固沙屏风。
布尔根河狸庇护区位于青河县的布尔根河流域，面积55 平方公里，是我国独一的河狸庇护区。卡拉麦里有蹄类动物庇护区位于古尔班通古特戈壁的东北部，地处奇台、富蕴二县，面积约1。7万平方公里。1982年4 月列为庇护区，次要庇护对象为野马、蒙古野驴、盘羊、鹅喉羚 等有蹄类野生动物。
喀纳斯天然景不雅庇护区七个天然景不雅带的实貌：黑钙土草甸草原带、山地量黑地盘针阔叶林带、山地漂灰土针叶林带、亚 高山草甸带、高山草甸带、冰沼土带和永久冰雪带。它不只是从 温带到草原到极地苔原带大冰雪地带综合考察研究的贵重基地，并且是独具特色的旅游参观区。
野生巴旦杏天然庇护区位于额敏县境内，面积约15平方 公里，连片林现有400公顷，1980年定为新疆首批天然庇护区。野骆驼庇护区位于若羌县境内阿尔金山东部的砾量沙漠向戈壁过渡地域，面积1。 5万平方公里。塔里木盆地胡杨庇护区位于轮台县和尉犁县境内面积约为 3800平方公里。
1983年成立庇护区，次要庇护古老树种以及马 鹿、野骆驼等珍贵动物。
此外还有塔什库尔干野生动物庇护区，霍城四爪陆龟庇护区，博格达人与生物圈庇护区，伊犁黑蜂庇护区，金塔斯山地草原类草地庇护区，奇台荒漠、半荒漠草地天然庇护区，那孜一鹿特丹 草甸类草地天然庇护区，巩留天山云杉天然庇护区，巩留野核桃 天然庇护区，伊犁小叶石蜡庇护区，托木尔峰天然庇护区，等等。