布景：跟着查询拜访的深切，暗中组织逐步现形，工藤优做因发现组织的庞大而奉求国际刑警插手。在日本警方及柯南的帮忙下几次阻遏了其活动，暗中组织决定抨击。
暗中组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工藤新一单独前去营救的表示。在暗中组织的总部，Gin发现了哀的实在身份并以少年侦探团的生命要挟其造做缩小药的解药。
早已深图远虑的哀在一天内造做出解药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin公然在得到解药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。
柯南快速揭开表示之谜，并赶往暗中组织的总部，而一切被兰看到。在兰的要求下，小五郎和警方对表示苦思不解，小五郎在睡梦中突发灵感而揭开谜题。
在暗中总部，组织boss大犬呈现，其竟是日本内阁大臣。大犬道出暗中组织的奥秘：裕仁天皇临末前留下一份血书，写有暗中如此。内阁认为是天皇要成立暗中组织的遗愿。因而暗中组织不断得到政府黑暗撑持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法实正揭开血书的含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放了哀，突然Gin被枪击倒。实正的Gin呈现并戳穿之前的他是基德假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，处置偷盗工做，然后来因组织的动作得功外国而被迫杀其顶功。
Cris（女教师）道出柯南是新一的奥秘，交给科南一份血书，要求其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。
柯南解开血书之谜，本来是天皇死前写下的忏悔和对日本将来的担忧。大犬立时呆在当场。。。。。
兰赶到现场，正碰着Gin要柯南留遗言。柯南对兰道出本相并剖明后Gin开枪，兰替柯南挡下枪弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
柯南毕竟在紧要关头用麻醒枪射中Gin，而哀与胖子在屠杀中一同从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin竟然转醒，射杀大犬后欲杀柯南。而对coolguy非常赏识的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优做，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打出手，非常英勇。
在世人的围攻下，Gin道出本身的野心和本身身为天皇与美国女家Gino的私生子的奥秘后他杀。
Cris此时说出本身是美国安插在组织里的间谍，本来美国也想控造组织。
基德离去之后世人匆忙将兰和哀送往病院，并惊讶的发现哀又变回小孩。暗中组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来后只记得世人名字而对其他忘的一尘不染。兰仍不省人事，医生说若持久昏迷可能变动物人。
服部建议柯南变回新一来唤醒兰，柯南只好如斯。而柯南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定守旧新一的奥秘。兰毕竟在新一的悉心顾问下康复。因为那件案子，世人都酿成名人，兰很不适应。优做则要求新一及兰一路前去美国读大学。
妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利因英勇表示而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已晓得柯南是新一而有意不说破的本相。
落日中，新一看到哀和少年侦探团高兴的玩耍而颇感欣慰。在机场，世人欢迎新一和兰离去，只要哀偷偷转过身去对着本身和柯南的照片垂泪。
下面那个不晓得是不是实的
还没结束。
如今还在连载 结局还不决