在中外合营企业及中外合作企业设立过程中，出资较少或提供合作条件较少的小股东往往因其为小股东而不能很好保护自己的权益。但是除了法律有明文规定外，例如对董事会成员比例的规定等，同大股东一样作为平等民事主体的小股东也可以充分保护自己在合营企业或合作企业中的合法权益。
本文将以合营企业为例，从实务的角度予以分析。 一、必须经董事会一致通过的事宜《中外合资经营企业法》及其实施细则明确规定了合营企业章程的修改，合营企业的中止、解散，合营企业注册资本的增加、减少，以及合营企业的合并、分立等事宜必须由出席董事会会议的全体董事一致通过方可作出决议。
法律规定的这些事宜都是关系到公司根本利益的重大事宜，因此法律对其作出了强制性的规定。但是对于关系到公司重大利益的其他事宜，特殊是直接或间接关系到投资各方利益的重大事宜，合营各方特殊是小股东，也可以要求必须由出席董事会会议全体董事的一致通过才可作出决议。
在召开董事会会议时，由于小股东的出资比例较小，通常其对某些重大事宜（这些事宜往往与小股东的切身利益紧密相连）的不赞同见，可能就会因董事人数比例较少的劣势而得不到应有的关注。因此在这种情况下，小股东可以同大股东协商，将某些特殊约定的事项也纳进需董事会全体董事一致批准的重大事项之列。
至于特殊约定的具体事项可以从以下几个方面考虑，例如将合营企业一定百分比的可分配利润分派给各方的决定，财会制度的重大变更，三项基金比例的提取，总经理的撤换，关联协议的签订，业务计划及年度预算的批准及变更等。 二、跟随转让权合营企业设立后，因为这样或那样的原因，股东可能会转让其股权。
假如小股东与大股东设立合营企业是基于大股东自身特有的优势，如商誉、影响等，当大股东转让其股权时，小股东就可以与其约定跟随转让权（“TagAlongRight”）。 关于跟随转让权的具体内容，合营各方可以约定，假如大股东期看转让其拥有的合营企业的全部或部分股权，若小股东不期看行使优先购买权，则小股东有权但没有义务按照转让股权占大股东在合营企业所有股权的比例以及转让通知规定的条件，以同等的对价向该受让方出让其在合作企业中同等比例的股权。
假如大股东转让的股权超过其在合营企业中所占股权的一半以上，则小股东可以按有关规定向受让方出让其在合营企业中的全部或相应比例的股权。向小股东送达转让通知后60天内，小股东应作出书面回复，说明其是否抉择行使跟随转让权。若小股东没有在规定时间内作出答复，则视为小股东赞同大股东向受让方的股权转让，且舍弃行使跟随转让权。
三、高级治理人员的职责及权限合营企业的日常经营治理工作都是由合营企业的总经理及副总经理等高级治理人员负责的，他们的经营治理活动对合作经营企业的存续发展起着最直接、最要害的作用。因此，在设立时合营各方应在企业章程中对高级治理人员的职责和权限作出具体明确的规定，这样就可以避免因职责及权限的模糊不清、董事会授权过大而导致这些高级治理人员对合营企业实施某些不利行为，从而影响小股东的合法权益。
四、仲裁机构的挑选由于合营合同是根据中国法律起草签订的，合营企业也是根据中国法律法规设立的，对于合营合同履行过程中出现的纠纷，基于经济效率及实际可操作性，小股东可以与大股东协商抉择中国国际经济贸易仲裁委员会处理纠纷。其原因有几点：首先，合营企业的法律依据是中国法，合营合同报批文本的语文通常以中文为准，约定由中国国际经济贸易仲裁委员会处理纠纷将更有利于对法律的把握及文本的理解，究竟中国法律方面的专家多在中国，而不是在外国。
其次，相对于其他仲裁委员会来说，中国国际经济贸易仲裁委员会在近二十年已经处理了许许多多的合营及合作纠纷，因此其在处理合营及合作纠纷方面已积存了丰盛的体会。再次，合营企业是设立在中国境内的法人，抉择中国国际经济贸易仲裁委员会处理合同纠纷，更有利于了解合营企业的设立、经营情况。
最后抉择中国国际经济贸易仲裁委员会处理合同纠纷也有利于节约纠纷解决的成本。 五、仲裁员的抉择确定了处理纠纷的仲裁委员会后，合营各方各抉择一名仲裁员。在抉择第三名仲裁员时为保证仲裁的公平、公平性，小股东可以与大股东约定选定的仲裁员不得包括那些具有合营各方国籍的仲裁员，而且也不能包括那些具有合营各方控股母公司国籍的仲裁员。
例如一家中国公司（母公司为中国公司）与一家荷兰公司（母公司为美国公司）共同投资设立一家合营企业，起草仲裁条款时就可以约定，“对于仲裁员的指定，合营双方应各自指定一名仲裁员，第三名仲裁员由合营双方共同指定，但该名仲裁员必须为具有非合营双方司法管辖地国籍的，且亦非中国（包括香港、澳门、台湾）及美国国籍的第三国国籍的仲裁员”。